在城市角落一条不起眼的小巷深处，有一家名为“洞洞”的杂货铺，店铺门面极小，里面却别有洞天。店主是名叫阿灵的年轻女子，她收藏着各种带有记忆魔法的物品：能让人回到过去某一刻的书签、能梦见思念之人的蜡烛、能赋予怯懦者勇气的徽章。每一个走进店铺的客人，都会带着心事而来，带着释然离开。主角林小星因一次迷路闯入杂货铺，并成为阿灵的助手，两人一起守护这些奇妙的物品和它们背后的故事。这是一部充满奇幻色彩与人文关怀的治愈漫画。
一位老教授来到杂货铺，想要找回年轻时丢失的一本书。阿灵递给他一枚记忆书签，老教授用它回到大学图书馆，重温了与已故妻子初次相遇的瞬间。他含泪感谢，说这本书其实不重要，重要的是那段回忆。
一位失去母亲的女孩每晚都失眠，阿灵给了她一根梦境蜡烛，点燃后能梦见想见的人。女孩在梦里和母亲一起包饺子，醒来后不再害怕黑暗，开始学着做母亲教她的饺子。阿灵告诉林小星，思念不是束缚，而是前行的力量。
一位因口吃而自卑的男孩来杂货铺寻求帮助，阿灵给他一枚勇气徽章，戴上后他能流利地在全班面前演讲。但男孩后来发现，真正的勇气来自他内心的决心，徽章只是提醒他相信自己。他把徽章还给杂货铺，留给下一个需要的人。
两个因误会而绝交的好朋友分别来到杂货铺，阿灵给他们戴上同一串友谊手链，两人同时感受到对方内心的愧疚和思念。他们最终在杂货铺门口相遇，拥抱和好。林小星看到这一幕，明白了物品的魔力在于连接人心。
一位摄影师带来一本空白影集，希望它能记录未完成的梦想。阿灵用手拂过影集，里面浮现出他未来可能拍摄的照片。摄影师看到自己镜头下的世界充满美好，重新拿起相机，决定不为名利，只为记录真实。
林小星偶然发现阿灵其实是一个存在了上百年的精灵，洞洞杂货铺是她为了帮助人类走出情感困境而创建的。她告诉林小星，自己也曾是人类，因为一个未能实现的承诺，自愿留在这里。林小星决定永远陪她守护杂货铺。